Добрый день.
Цитата: ген. директор узнает что учредитель еще в октябре вышел из состава ООО(заверив у нотариуса и сдав в ФНС документ, ссылаясь на новый закон).
Мне представляется, что здесь был фальсифицирован какой-то документ, потому что такой порядок выхода участника, который описали Вы, предусмотрен для некоммерческих организаций. В ООО процедура выхода иная и без уведомления оставшегося участника (в отсутствие его подписи под протоколом общего собрания либо под единоличным решением об изменении состава) этого сделать было нельзя.
Цитата: 1. Как правильно оформить выход второго учредителя?
Совсем без участников общество остаться не может. Либо продаете долю, либо ликвидируете ООО. Кстати, нужно еще разбираться с долей выбывшего участника.
Цитата: 2. Нужно это заверять в ФНС?
Регистрирующий орган следует уведомлять о любых сделках с долями в ООО.
Цитата: 3. Как правильно начать процедуру ликвидации
Ликвидация юридических лиц Цитата: 4. Может ли ген.директор быть ликвидатором?
Да.
Цитата: 5. Или проще продать ооо?
Быстрее и проще, да. Если найдете покупателя.